特許庁連携アプリをインストールし、マニュアル通りに設定しましたが、インターネット出願ソフトのメニューに「root ip」がでてきません。

「root ip」メニューは、インターネット出願ソフトの「出願」タブと「発送」タブが選択されたときのみ表示されます。
タブを一度切り替えていただき、「root ip」メニューが右上に表示されるかどうかお試しいただけますでしょうか。