オンライン発送書類（共通発送書類）の特許証を取り込みましたが、案件に紐づきません。登録日、登録番号も取り込まれませんが、どのように紐づけしますか？

特許庁HTML/XMLファイル添付ページの一番下に「登録実行」ボタンが表示されていませんか？
オンライン発送書類はHTMLとXMLを添付したのち、それぞれをデータベース取り込みする必要があります。
オンライン共通発送XML登録の下に「データベース取り込み可能なオンライン共通発送XMLがあります。」の表示がありましたら、
「登録実行」ボタンをクリックし、データベースへの登録をお願いします。