特許庁データと連携しているということは、案件のデータが自動で更新されますか？自動で更新されない場合、一括して更新できますか？

いいえ、できません。

root ipは日本の特許庁が公開する「特許情報標準データ」を取得し、「特許庁連携機能」として案件作成や比較修正に活用してます。

この「特許情報標準データ」は平日日次（および週次）で更新されていますが、実態とはタイムラグが発生する場合があります。
例えば、年金納付書を提出し、案件データ上も年金納付済みの状態になっているが、その納付情報が「特許情報標準データ」として公開されておらず「特許情報標準データ」が古いという状況があり得ます。※1

このようなタイムラグが発生する状況と古い情報で上書きしてしまうリスクを考慮し、自動での更新機能や一括更新機能は採用しておりません。
何卒ご理解いただけますと幸いです。
 
では、「特許庁連携機能」の活用方法ですが、「特許情報標準データ」が更新された「最新更新日」を取得していますので、月初に先月更新分、週はじめに先週更新分など、定期的に更新された案件を検索して案件のデータとの差分を確認する（「特許情報標準データ」で更新する）方法をご案内しています。※２

この場合も、データの更新には注意が必要なため、一括ではなく案件ごとに差分を確認する必要があります。
詳しくは「【特許庁データ更新確認】特許庁データの更新状況を確認する・比較更新する」をご参照ください。

「特許庁連携機能」は案件データをチェックするためのアシスト機能としてご活用いただけますと幸いです。

※１「特許情報標準データ」が公開されるタイミングは特許庁側の仕様のため、何日後という目安はお答えできません。
※２「特許庁連携機能」での比較や更新は必須の作業ではありません。